domingo, 14 de julio de 2013

Instalar Biopython en Linux

isra@linuxmint ~ $ sudo su
[sudo] password for isra: 
linuxmint isra # apt-get install python-biopython
Leyendo lista de paquetes... Hecho
Creando árbol de dependencias       
Leyendo la información de estado... Hecho
Se instalarán los siguientes paquetes extras:
  libgfortran3 liblapack3 python-biopython-doc python-numpy
Paquetes sugeridos:
  wise muscle clustalw mafft emboss blast2 python-numpy-doc python-numpy-dbg
  python-nose python-dev gfortran
Se instalarán los siguientes paquetes NUEVOS:
  libgfortran3 liblapack3 python-biopython python-biopython-doc python-numpy
0 actualizados, 5 se instalarán, 0 para eliminar y 135 no actualizados.
Necesito descargar 15,4 MB de archivos.
Se utilizarán 34,4 MB de espacio de disco adicional después de esta operación.
¿Desea continuar [S/n]? s
De esta forma ya tenemos biopython  instalado en nuestro sistema, en mi caso uso linux mint.

isra@linuxmint ~ $ python
Python 2.7.4 (default, Apr 19 2013, 18:32:33) 
[GCC 4.7.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from Bio.Seq import Seq
>>> secuencia = Seq ('ACGCGCTAGCTC')
>>> print(type(secuencia))
<class 'Bio.Seq.Seq'>
>>>



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